Η δράση του Ινστιτούτου Αρχιπέλαγος για την προστασία του Αιγαίου επικεντρώνεται εδώ και 20 και πλέον χρόνια σε μία ιδιαίτερη περιοχή της Ελλάδας: στα νησιά και τις νησίδες του ανατολικού Αιγαίου.
Χαρακτηρίζονται από ιδιαίτερη φυσική σημασία καθώς φιλοξενούν εδώ και χιλιάδες χρόνια πολυάριθμα είδη ζώων ως μόνιμους ή περαστικούς “κατοίκους”, ενώ αποτελούν μία από τις ελάχιστες νησιωτικές περιοχές υψηλής βιοποικιλότητας στην Ευρώπη, όπου υπάρχει τόσο περιορισμένη ανθρώπινη παρουσία και όχληση.
Οι Αρκιοί και το Μαράθι είναι ένα νησιωτικό σύμπλεγμα 12 νησιών και νησίδων, που ανήκει στο Δήμο Πάτμου και έχει μόνιμο πληθυσμό περίπου 40 κατοίκους στο νησί των Αρκιών και 3 κατοίκους στο γειτονικό Μαράθι. Απαρτίζουν το κύριο μέρος του Μόνιμου Καταφυγίου Άγριας Ζωής Συμπλέγματος Αρκιών & Νησίδων Πάτμου, το οποίο θεσμοθετήθηκε το 2004 έπειτα από 3 χρόνια έρευνας του Ινστιτούτου Θαλάσσιας Προστασίας «Αρχιπέλαγος» στην περιοχή, με τη στενή συνεργασία της τοπικής κοινωνίας, του Δήμου Πάτμου και της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
Αποτελεί μία σημαντική πρωτοβουλία που υλοποιήθηκε αφιλοκερδώς, με άξονα την καλή συνεργασία και τις ειλικρινείς προθέσεις. Είναι μία ακόμα απόδειξη ότι για την επίλυση των περιβαλλοντικών προβλημάτων δεν χρειάζονται οι συνήθεις δαπανηρές και χρονοβόρες προσεγγίσεις και οι δυσκίνητοι γραφειοκρατικοί μηχανισμοί, αλλά απαιτείται ξεκάθαρη στόχευση στην προστασία του περιβάλλοντος, πραγματική συνεργασία και εμπιστοσύνη.
Από το 2004 έως σήμερα η προστασία αυτού του Καταφυγίου Άγριας Ζωής βασίζεται στην τοπική κοινωνία με τη συνεχή αφιλοκερδή στήριξη του Ινστιτούτου Αρχιπέλαγος, που έως σήμερα συνεχίζει να δραστηριοποιείται στην περιοχή καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους.