Μία σημαντική και αθέατη πτυχή της δουλειάς του Ινστιτούτου «Αρχιπέλαγος» γίνεται στα εργαστήρια στη Σάμο και τους Λειψούς, αλλά και εν πλω στο ερευνητικό σκάφος Aegean Explorer.
Η επίμονη δουλειά των ερευνητών μας, αλλά και των εξωτερικών συνεργατών μας από τα βρετανικά πανεπιστήμια Loughborough και East Anglia και το Plymouth Marine Laboratory, μας επιτρέπει να τεκμηριώνουμε την πραγματική έκταση της ρύπανσης στις θάλασσές μας.
Η εργαστηριακή έρευνα επικεντρώνεται, μεταξύ άλλων, στην πλαστική και μικροπλαστική ρύπανση, καθώς και στις χημικές και μικροβιολογικές αναλύσεις πόσιμου και θαλασσινού νερού. Ιδιαίτερα η μικροπλαστική ρύπανση, αποτελεί βασική προτεραιότητα λόγω της ραγδαίας αύξησής της στην ευρύτερη περιοχή της Μεσογείου τα τελευταία χρόνια.
Στα εργαστήρια εξετάζονται δείγματα ψαριών και θαλάσσιων ασπόνδυλων ειδών για την περιεκτικότητά τους σε ίνες και θραύσματα πλαστικού, δείγματα από θαλάσσια λιβάδια Ποσειδωνίας, καθώς και δείγματα νερού και θαλάσσιου ιζήματος, από τα ρηχά έως και τις βαθιές θαλάσσιες τάφρους του Αιγαίου.